Ab 1884 war er Privatdozent für Ethnographie und Anthropologie an der Universität Zürich, ab 1886 Privatdozent für Geographie am Polytechnikum Zürich. 1891 kehrte er an die Universität Zürich zurück, wo er als ausserordentlicher und von 1895 bis 1912 als erster ordentlicher Professor für Geographie unter Einbezug der Völkerkunde tätig war. Von 1889 bis 1898 war Stoll der erste Direktor der Sammlung für Völkerkunde in Zürich, von 1898 bis 1919 war er Konservator am Zoologischen Museum der Universität Zürich. 1884.1887 Präsident der Schweizer Entomologischen Gesellschaft, Mitbegründer einer ethnographischen Gesellschaft 1887 (1888–1909 Präs. u. Kustos d. angegliederten Sammlung).
Verbindungen
Universität Zürich ; Eidgenössisches Polytechnicum ; Universität Zürich. Sammlung für Völkerkunde ; Universität Zürich. Zoologisches Museum