Nach dem Studium der Medizin amtete Paul von Ritter als Hofmarschall eines grossfürstlichen Hauses, danach arbeitete er in der Kanzlei des Kaisers Alexander II. 1863 emigrierte Paul von Ritter aus Russland und liess sich zunächst in Dresden nieder. Danach gelangte er über Lugano im Jahr 1883 nach Basel, wo er für den Rest seines Lebens blieb. Die sogenannte Ritterprofessur an der Univ. Jena, ein Lehrstuhl für Phylogenie, wurde von ihm gestiftet.