Von 1889 bis 1893 in Guatemala als Verwalter einer Kaffeepflanzung seines Bruders tätig. Gemeinsam mit Erwin Paul Dieseldorff (1868–1940) unternahm er zahlreiche archäologische Ausgrabungen. 1893 arbeitete Sapper kurzzeitig als Landesgeologe in Mexiko, von 1894 bis 1900 erneut in Guatemala sowie an weiteren Orten in der mittelamerikanischen Region. 1900 habilitierte er sich bei Friedrich Ratzel in Leipzig. 1902 erhielt er den Ruf an die Universität Tübingen und wurde zunächst a.o. Professor und 1907 ordentlicher Professor für Geographie. Im folgenden Jahr unternahm er im Auftrag des Reichskolonialamtes zusammen mit dem Ethnologen Georg Friederici eine Forschungsreise zum Bismarckarchipel. 1910 erhielt er einen Lehrstuhl für Geographie und Ethnologie an der Universität Straßburg und 1919 folgte er schließlich einem Ruf an die Universität Würzburg. Betrieb auch Vulkanologie und Studien zu verschiedenen Indianersprachen.
Verbindungen
Eberhard Karls Universität Tübingen ; Kaiser-Wilhelms-Universität Straßburg ; Julius-Maximilians-Universität Würzburg ; Kaiserlich Leopoldinisch-Carolinische Deutsche Akademie der Naturforscher