O termo autonomia refere-se a um conjunto de medidas destinadas a proporcionar à Perícia Criminal uma estrutura capaz de eliminar qualquer influência sobre a produção da prova material. A Perícia Oficial de Natureza Criminal não pode estar subordinada àqueles que têm o dever de apresentar um culpado à sociedade. A subordinação da Perícia Criminal à Polícia Judiciária pode comprometer a integridade e a objetividade das investigações, especialmente em casos onde o suspeito é um membro das forças de segurança pública do Estado, potencialmente impedindo uma apuração correta dos fatos.