Las Áreas Naturales Protegidas integradas en el Sistema de Áreas Naturales Protegidas forman parte de los territorios que contienen los últimos remanentes de ecosistemas y biodiversidad esenciales para garantizar el sostenimiento de los sistemas naturales y sistemas humanos en El Salvador. Pese a que el país ha aprobado legislación nacional e internacional para la protección de estos territorios, la falta de una intervención adecuada por parte la institucionalidad competente, la falta de reglamentos para la operativización y aplicación de estas normativas y la falta de declaración y traspaso de diversos territorios al Sistema de Áreas Naturales Protegidas, son parte de los factores que colocan en situación de alta vulnerabilidad a los ecosistemas y poblaciones que las habitan, a la vez que reduce los instrumentos con que el país cuenta para hacer frente a fenómenos como el cambio climático.